在上一季中，以果敢干练的作风和高超惊人的医术，人称 “Doctor X”外科医生大门未知子（米仓凉子 饰）在早已形同腐臭泥潭一般的帝都医科大学第三医院力挽狂澜，掀起前所未有的风暴。因在北海道马场冒险为一匹骨折的马做手术，未知子得到内科专家马渊一代（三田佳子 饰）的赏识，进而受邀踏入全日本顶尖医者云集的殿堂——帝都医科大学附属医院！此前不久，外科总负责人蛭间重盛（西田敏行 饰）曾亲手为医院的大金主——某地产大鳄二宫钦也（寺田农 饰）完成高危手术，谁知此番二宫癌症复发再度入院。第二外科主任海老名（远藤宪一 饰）携团队积极备战，配合蛭间迎接新一轮的手术。而马渊所率领的内科则就治疗方式上与外科产生严重分歧和对立。  　　未知子的到来，无疑使双方的矛盾趋于白热化……

该书以主角辰南寻找万年前爱人雨馨、追索神魔灭亡遗秘的行迹为线索，引出浩茫六道、天地棋局，演绎出一部充满热血、壮烈、凄美的传奇，道说出无数英雄佳人的传说，并对人性、社会、生命等元素进行了些许探讨。

真選組魔鬼副長——土方十四郎的身邊來了一個名叫佐佐木鐵之助的二打六。  　　這位鐵之助雖然來自幕府中菁英輩出的名門——佐佐木家，卻是個眾人束手無策的問題兒童，被各署踢嫌棄，最後被送來了真選組。  　　面對態度輕浮的鐵之助，土方雖然感到煩躁，卻還是努力保持理智，一直照顧他。就在某一天，遇見了在警察當中算是集結了眾多菁英的組織「見迴組」的局長——佐佐木異三郎。異三郎是鐵之助同父異母的哥哥，卻藐視鐵之助，叫他「不成材」或「二房之子」。  　　土方聽了動怒，直接挑釁異三郎。  　　因為他將找不到容身之處的鐵之助，與曾經是無可救藥的自己重疊在一起。  　　鐵之助得知了土方的過去，洗心革面，下定決心要以土方為目標，變得更強。  　　土方託付他幫忙寄送重要的信件，鐵之助全力要完成任務，卻在路途上被激進攘夷集團——知惠空黨綁架了。  　　他們的目的是抓走與警察有關係的鐵之助，當作人質，一口氣擊垮真選組與見迴組。  　　然而見迴組毫不理會人質，擊潰知惠空黨，甚至還企圖將責任全推到託付了鐵之助的真選組。  　　知道他是為了將知惠空黨一網打盡，將自己的弟弟當作道具利用，使土方激動不已…  　　真選組與見迴組即將爆發全面戰爭！！